Primero fue Museo de Historia Natural y junto con el Real Jardín Botánico y el Real Observatorio Astronómico, componían la Colina de las Ciencias proyecto a realizar en el entorno del Paseo del Prado de San Jerónimo. Eran tiempos dónde el rey Carlos III veía esencial desarrollar el conocimiento de estas materias para el crecimiento económico.
Encargado en un principio, todo el conjunto, al arquitecto de la Casa Real, el italiano Sabatini, sin embargo fué Juan de Villanueva quien cogió el timón de estas grandes obras y las proyectó.
Es un momento de la Historia de Madrid (1777), dónde el secretario de Estado (Presidente de Estado) conde de Floridablanca del rey Carlos III cuenta con Juan de Villanueva como arquitecto, que posteriormente sustituiría a los arquitectos de los Reales Sítios, llegando a ser arquitecto mayor de Carlos IV.
En estos edificios se manifiesta claramente la influencia del lugar, tanto física como anímica, como condición y como motivo de inspiración, para el proyecto de la arquitectura. La propia inclinación del terreno donde va a enclabarse el Museo, le sirve de base incluso emocional a sus proyectos.
El edificio del Museo tiene que dar cabida al museo-galería propiamente, una academia y un salón de juntas. Para el proyecto del edificio se hicieron hasta tres planos y una maqueta, que alberga hoy en día el propio Museo del Prado.
La doble pendiente que tiene el terreno, donde se decide ubicar el edificio, le sirve a Juan de Villanueva para situar allí la entrada principal a la Galería, sacándole el máximo partido a esta peculiaridad topográfica del solar. Consigue unir con una expresiva rampa con curva el nivel del Paseo del Prado con el nivel de la entrada a la Galería, un desnivel de casi siete metros de alto. Creando así un edificio paralelo al Paseo donde cada estancia tiene su propio acceso.
En 1785 se empiezan a remover las tierras y en el 88 se alzan los primeros muros. El edificio en su concepción original, está formado por un cuerpo central terminado en ábside, al que flanquean dos galerías alargadas que terminan en pabellones cuadrados, uno a cada extremo. Está recorrido por una serie de columnas a todo lo largo y de fanales donde se sitúan unas esculturas, que crean un ambiente de lo más armonioso, evitándo la frialdad que puedieran trasmitir las columnas. En el centro del eje, tiene un acceso al salón, lo que hoy llamamos Puerta de Velázquez, con un frontón cuadrangular, en vez de triangular como tienen muchos otros edificios, lo cual le dá originalidad y un friso escultórico representando una alegoría del rey Fernando VII, obra de Ramón Barba. Delante de esta Puerta, se encuentra una estatua de Velázquez, obra del escultor Aniceto Marinas y que se inauguró con la presencia de la reina regente y de Alfonso XIII en una emotiva ceremonia rindiendo honores al gran pintor Velázquez y a la pintura española.
La Puerta Norte, hoy Puerta de Goya, que da acceso al Museo presenta un pórtico con dos columnas jónicas y sobre ellas un entablamento liso. La escalinata actual que existe en esta Puerta, se construyó en 1882, eliminando la rampa inicial que había proyectado Juan de Villanueva y haciéndo patente que la Puerta Norte está en el segundo piso y se accede por la escalinata.
En el otro extremo la Puerta a la Academia de las Ciencias, hoy Puerta de Murillo frente al Jardín Botánico, fachada sur, está formada por un vano adintelado, de acceso al interior, y una logia o galería con seis columnas de orden corintio sobre las que se apoya un entablamento.
El interior del edificio es abovedado en sus salas centrales. El vestíbulo de la entrada norte está formado por una rotonda con ocho columnas jónicas cuya bóveda tiene decoración de casetones.
El Museo de las Ciencias sufre una serie de calamidades, que le harán cambiar en parte la fisonomía que proyectó Juan de Villanueva. Entre otras, la destrucción de buena parte del edificio durante la guerra de la Independencia con los franceses y la utilización como cuartel de caballería francesa en 1808. La restauración la apoyó fundamentalmente la mujer del rey Ferando VII, Isabel de Braganza, en 1818, y la llevó a cabo Antonio López Aguado, discípulo del arquitecto y autor. En las diversas actuaciones, la Puerta de Velázquez adquiere mayor notoriedad.
Al año siguiente se inaugura el edificio, esta vez ya como Museo Real de Pinturas, conteniendo parte de las colecciones Reales de Pintura y Escultura Españolas, venidas de los distintos Sitios Reales, entre otras las de Velázquez.
Hay que tener en cuenta que las obras de Velázquez no han salido de palacio y no son vistas por el público en general hasta que este Museo del Prado abre sus puertas al público en 1819. En ese momento la relevancia del pintor no se hace del todo patente, pues los gustos artísticos de los visitantes de la época, son más bien románticos, con un estilo naturalista y de gran religiosidad, muy distintos al estilo barroco del artista. Por tanto hasta la segunda mitad del siglo XIX y hasta la estancia del pintor francés, Manet, quien le descubrió realmente, no se le consideró el mejor artista de todas las épocas y nacionalidades.
Poco a poco y por el incremento del número de obras, se van haciendo nuevas salas, con monografías de los diversos autores.
El Museo cuenta con la mejor y más valiosa colección de pintura de artistas universales (más de 9.000 pinturas). Las diversas Casas Reales han seguido la tradición de coleccionar arte y por ello es tan numerosa. Incluso podría ser mucho mayor, si contáramos con los expolios que se han llevado a cabo en las distintas contiendas sufridas en el País o en los Reales Sitios por donde estában distribuídas las obras. Hasta la desamortización de Mendizábal en 1835, el Museo no adquiere la categoría de Museo Nacional, después de la absorción de los fondos del disuelto Museo de Trinidad en 1872.
En la actualidad la colección del Museo tiene obras de pertenecientes a la Pintura española, Pintura italiana, Pintura flamenca, Pintura francesa, Pintura alemana. Pintura holandesa, Pintura británica, Dibujos y estampas, Escultura, Artes decorativas
En 1995 se llega a un gran acuerdo para la modernización y ampliación del Museo Nacional del Prado, obra que ganará en concurso el arquitecto Rafael Moneo, quien ya había trabajado en otros proyectos parecidos, como el Museo Nacional de Arte Romano de Mérida y el Museo Thyssen-Bornemisza. El proyecto se termina en 2007 no sin causar polémica entre los madrileños. La reordenación de las colecciones está previsto que termine en el próximo año 2012.
Dicha ampliación es necesaria para albergar nuevas colecciones e infraestructuras del propio Museo. El proyecto conecta el edificio de Juan de Villanueva, con el claustro de la Iglesia de los Jerónimos, a través de un cubo de ladrillo y una serie de pasillos internos.
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